На „горещия стол” на новосъздадената институция „икономически прокурор” седна Григорис Пепонис. Той бе избран, понеже още през 80-те години свърза името си с преследването на значими имена и икономически фактори в Атина, които се принудиха да изплатят на държавата големи суми. Те бяха обвинени в издаване на фиктивни фактури и даване на рушвети в предварително подготвени операции с белязани банкноти. Григорис Пепонис е бил безпощаден и в преследването на лекари, които са получавали пликове с пари от пациенти, разкрил престъпна мрежа, която електрифицирала незаконни постройки, докато участниците в нея се правели, че не виждат издигането на незаконните сгради и разобличил своя собствен сътрудник, когато разбрал, че унищожава съдебни преписки.
По време на стажа му като шеф на прокуратурата в Пирея, Григорис Пепонис започнал много наказателни гонения за потъванията на много кораби, сред които и „Експрес Самина”, както и за нарушения в провеждането на футболни мачове. Когато бе освободена бившата следователка Константина Бурбулия, той бе провел прокурорско разследване във връзка с лекарските бележки, които бяха представени с цел да обосноват искането за освобождаването й от затвора.
Повратна точка в прокурорската кариера на Григорис Пепонис е провеждането на предварително разследване за скандала със структурираните облигации. Той проведе своето разследване в рамките на няколко седмици и през лятото на 2007 предложи внасянето на съдебната преписка в парламента, за да започне процесът на активиране на закона за наказателната отговорност на министрите. Това негово действие срещна възражението на тогавашния главен прокурор Георгиос Санидас, който прецени, че доказателствата не са били достатъчни, за да се установи отговорност на членовете на правителството.
Още с първите си действия на новата си позиция, прокурорът показа, че ще „скръцне със зъби” на всички нарушители. Залавянията на известни бизнесмени са непрекъснати, а Григорис Пепонис е поискал всички списъци и очакванията са, че ще последват нови арести и експресни съдебни процедури.