Съдбата на евреите в града обаче не се решавала от германските власти на местно ниво, а от Айхман и тесен кръг офицери от службите за сигурност. Те определяли времето и мястото на поредната „операция”. Един ден преди ареста на евреите в Янина са задържани малка част от евреите в Атина, тъй като останалите успели да избягат благодарение на не толкова строгата полиция под ръковоството на Ангелос Еверт. В деня, когато са арестувани евреите от Янина, подобни акции са извършени в Превеза, Арта, Лариса и Касторя. Всички задържани са откарани с влакове в Полша, в концентрационния лагер Аушвиц-Биркенау. Пак там по-късно са закарани и евреите от островите Керкира, Родос и Кос през лятото на 1944. Евреите от Ханя, на остров Крит, също са арестувани, но смъртта ги застига преди да стигнат до Аушвиц. Корабът, с който ги превозват от Ираклио до Пирея, е потопен от британска подводница и повлича на дъното стотици души.
От пристигналите в Аушвиц една голяма част са отведени директно в газовите камери, където са избити. По-малка част са откарани в лагерите, за да работят, а някои остават живи, за да бъдат превърнати в опитни животни в ръцете на прословутия безмилостен доктор Менгеле».
На въпрос дали геноцидът над евреите трябва да стане част от материала, преподаван в часовете по история на гръцките училища, професор Готовос заявява: «Отговорът на въпроса от педагогическа гледна точка е положителен. Едно такова престъпление не може да остане незабелязано от образованието. Както, впрочем, и всеки друг геноцид. С надеждата, че в крайна сметка, макар да казват обратното, историята ни учи. Ако не всички, то сигурно мнозина от нас».