Трагедията не позволява на Дора Бакояни да влезе в ролята на съкрушената вдовица. Навлизането й на политическата арена е по-скоро фатално наложително. Нейните детски преживявания и израстването до Мицотаки я правят майстор на политическия реализъм и изведнъж тя се оказва повече от готова за бъдещето, което се появява непредвидено пред нея. Дора Бакояни пази фамилното име на съпруга си като зеницата на окото си. След убийството на съпруга си тя се кандидатира за депутат на област Евритания, чийто народен представител дотогава е бил Павлос Бакоянис. Там тя започва политическата си кариера и с вота на гласоподавателите от Евритания Дора Бакояни влиза в гръцкия парламент, където изкарва общо три мандата като народен представител на областта. Въпреки че отдавна вече не е представителка на Евритания, продължава да си пази връзката с областта до така степен, че е готова да я остави в наследство на сина си Коста, когато му дойде времето.

В правителствата на баща си (1990-93) Дора Бакояни поема постове на заместник министър и министър на културата и си изгражда бързо и лесно профила на лидер. На изборите през 1996 г. тя сменя избирателната област и се кандидатира в Атина, където вота на гражданите я издига на първо място. По това време баща й се оттегля от политиката, а Дора Бакояни се омъжва за втори път – за Изидорос Кувелос. Нейната политическа кариера препуска с шеметен ритъм - през 2002 г. Бакояни е първата жена в историята на град Атина, която става кмет на града с върховното постижение от 60,6% гласоподаватели в нейна полза. Този процент е най-големият, който е получавал кмет в община Атина.

За семейство Мицотакис създаването и използването на един механизъм е в същността на политиката. Отпреди години е останала шегата свързана с нейния баща Костас Мицотакис, че е кръстник на хиляди деца от остров Крит, откъдето е произхода на семейството. Това е характерен пример за нравите и привичките на една отминала епоха, но тесните контакти и взаимните връзки със семейства и хора от всички социални групи на гръцкото общество, продължават да се култивират от всички членове на фамилията, тъй като представляват необходима предпоставка за постигането на целта. В Крит дори и политическите противници на Мицотакис признават, че той никога не е оставил свой човек „във въздуха”. Всички, които са в неговия кръг се уреждат в зависимост от това какво предлагат и дават. Вярна на семейната традиция Дора Бакояни си е създала широк кръг, който започва да се оформя още от времето, когато е кмет на Атина.

„Никога не съм чувствала, че моят пол ме прави различна в моята професия, а и не би трябвало” казва Дора Бакояни за сайта http://www.worldmayor.com/, според чиято класация тя е избрана за най-добър кмет в света за 2005 г. Повече от 87 000 души от цял свят гласуват на този провеждан по интернет конкурс и обсъждат своите любими кметове. Дора Бакояни печели титлата за „най-добър кмет на света” като е силно подкрепена не само от гърците, но и от хиляди хора, които са гласували от различни страни в Европа, Северна Америка и Австралия. Атинската кметица тогава получава положителни коментари от 550 кметове от цял свят, а на следващата година списание Forbes я включва в списъка със 100 най-влиятелни жени по света за 2006 г.

Успехите на Дора Бакояни като кмет на Атина по време на домакинството на Олимпийските игри през 2004 г. и цялостната й борбата срещу тероризма, пристрастиха гръцката политика към нея. «Олимпийските игри дадоха повод Атина да стане модерен и лесен град както за нейните жители, така и за посетителите.” След успешното изпълнение на големия проект на Дора Бакояни за реставрация на фасадите на 3000 кооперации в Атина, от ЕС проявиха интерес за стартирането на повече проекти като този.

„Аз съм много горда, че през септември 2005 г. представиха програмата „Фасада” във Факултета за правителствена администрация Джон Кенеди към Харвардския Университет като пример за програма фокусирана върху сътрудничеството на държавния и частния сектор.” Дора Бакояни се грижи за визията на Атина още откакто е изпълнявала длъжността министър на културата през 1993 г., когато задвижва най-амбициозния план за промяна на живота на жителите на града. Този проект променя и имиджа на града - Бакояни се впуска в осъществяването на амбициозния проект за обединяването на археологическите обекти, който в миналото е бил планиран от Мелина Меркури и Андонис Трицис.

Дора Бакояни като министър на външните работи на Гърция

През 2006 г. Дора Бакояни поема поста на министър на външните работи. В едно правителство, което постоянно се тресе от скандали – подслушванията от телефонната компания Vodafone, скандалът с Олимпийските игри и компанията Siemens, корумпирани висшестоящи замесени в скандала с имотите на манастира Ватопед, Дора Бакояни достойно пази името си. Тя е един от най-популярните министри от правителството на Костас Караманлис и, разбира се, успя да си запази поста след ремонта на кабинета.