Бурна реакция на недоволство в Гърция предизвика решението на страните-членки на Северноатлантическия пакт да поверят ръководството на Координационния център за военновъздушни операции в Егейско море на турски, а не на гръцки генерал. В момента в Егейско море има два координационни центъра. Единият е в Лариса и се ръководи от гръцки генерал, а вторият е в Есхи Сехир и се ръководи от турски генерал. Страните-членки на НАТО обаче прецениха, че е твърде скъпо да поддържат два военновъздушни центъра от двете страни на Егейско море, тъй като това е много спокоен район от света и е неоправдано съществуването на две толкова мощни бази.

Така на срещата си на 7 и 8 май те решиха да закрият координационния център в Есхи Сехир и да остане само този в гръцкия град Лариса. Центърът ще е отговорен за координирането и провеждането на на военновъздушни операции във въздушното пространство на България, Румъния, Гърция и Турция, а от 2011 година ръководенето му ще се поеме от турски генерал. На срещата на НАТО е договорено ръководенето на Центъра да се сменя ротационно, като във времето, в което ще се управлява от турчин, грък ще е негов заместник. Също в този период грък ще поеме упревлението на оперативния военновъздушен щаб в Измир, който ръководи на оперативно ниво въздушните операции в района.

Решението на НАТО изглежда балансирано като се има предвид чувствителността на Гърция по отношение на Турция, но очевидно това разпределение на властта не е достатъчно за Атина. Основният въпрос, който се задава от гръцка страна е когато турски изтребители навлязат в гръцкото въздушно пространство координационният център в Лариса като какви ще ги обяви – вражески, както досега се обявяваха и веднага се прихващаха от гръцки изтребители или за приятелски съюзнически полети? Правителството все още не е излязло с официално становище по случая, единствено от министерството на отбраната говорят за “съгласие по принцип”, но отричат да има окончателно решение за назначаването на турски генерал.