Основан през 1908 г., „Панатинайкос” несъмнено е един от най-известните гръцки спортни клубове. Футболното подразделение е първото в състава на клуба. Първата му изява е през септември 1908 г. с участието му в рамките на Пантесалийските игри и победата с 9-0 над „Пирайкос” (предшественика на „Олимпиакос”, бъдещия им „вечен” съперник).  Други подразделения на клуба са създадени по-късно: лека атлетика – 1919 г., волейбол – 1919 г., баскетбол – 1922 г., тенис на маса – 1924 г., колоездене – 1928 г., плуване – 1930 г., поло – 1930 г., бокс – 1946 г., шах – 1959 г., вдигане на тежести – 1959 г., фехтовка – 1960 г., гимнастика – 1962 г., борба – 1965 г. и т.н. Безспорно трите най-дейни и популярни подразделения, обаче са футболното, баскетболното и волейболното.

Множеството национални и европейски успехи на футболния клуб допринасят за популярността му не само в Гърция, но и в Европа. Може би най-успешният период на клуба е 1970-1974 г., когато на треньорския пост е Ференц Пушкаш. Кулминацията е на 2 юни 1971 г. на стадион „Уембли” в Лондон, по време на финала за Купата на Европейските Шампиони (предшественика на Шампионската лига). Загубата с 2-0 от „непобедимия” „Аякс” на Кройф, не е в състояние да измести това знаменателно събитие от златните страници в историята на клуба.

Успехите на клуба не се и  зчерпват с този финал. През 1985 г. достига до полуфинал на КЕШ и отпада от английския „Ливерпул”, а през 1996 г. до полуфинал на вече преименуваното първенство – Шампионска лига, където се среща отново с „Аякс”. От 1979 г. футболнuят клуб е преобразуван в професионален. Президент на клуба е Аргирис Мицу. Футболният клуб „Панатинайко ФК” е собственост на холдинга „Вардиноянис” и несъмнено техният представител в борда на клуба – Янис Вардиноянис има голямо влияние над решенията му.

Седалището на „Панатинайкос” е стадион „Апостолос Николаидис” по името на известния играч и президент на клуба, който е роден в Пловдив. Връзките с България не се изчерпват дотук. В редиците на ПАО са били Томас Лафчис като играч и Христо Бонев като треньор.

Баскетболният отбор на „Панатинайкос”, който е едно от трите професионални подразделения на спортния клуб, заедно с футболния и волейболния, е собственост на братята Танасис и Павлос Янакопулос. Отборът по баскетбол на „Панатинайкос” е първият гръцки отбор, който печели титлата „Европейски шампион” на ниво отбор.

Най-успешният период на волейболния отбор на „Панатинайкос” е 1994-1996 г., когато в редиците му се открояват имената на Пламен Константинов, Димо Тонев и други български волейболисти.